地下城堡2的副本分布在不同地图中，每个副本都有特定的开启条件和进入方式。墓葬副本位于图11（坐标45，22），需要先在市场购买龙纹银币，然后到图4正右方据点获取仿制龙纹硬币蓝图，制作仿制龙纹硬币后即可进入。远山副本位于图8左上方，是玩家接触的第一个相对简单的副本，只需准备食物和佩戴瘟疫项链即可挑战。幽谷副本位于幻境森林正上方（坐标17，，需要通过透镜观察小怪并收集魂魄才能推进。裁判所副本位于失落王城（坐标41，37），挑战前需制作裁判所徽记并满足队伍属性要求。
迷雾岛副本位于图16右下角，首次进入需消耗特定材料制作门票，后续每次进入消耗300食物。该副本分为普通和困难两种模式，破坏图腾可激活困难难度，面对不同属性的黑翼使魔需调整队伍配置。巨龙之路副本位于图11，隐藏路线需要全队技巧达到315以上才能触发机关，密室分为水、地、风、火、金五种类型，按特定顺序选择路线可进入迷宫区域。暗月渊谷从图15世界边缘左上方进入，需先打通前置据点，小怪类型包括腐化行者和愤怒幽魂，最终挑战无名法师等高难度敌人。
副本的开启往往与主线进度和材料收集相关。例如谢佛墓葬需要先完成龙纹银币任务链，而训练营副本则要求玩家达到图14进度。部分副本如裁判所和幽谷存在每日挑战限制，失败后需等待次日重置。裂隙入口位于湿地（坐标14，54），属于特殊副本类型，挑战机制与其他副本不同。遗迹系统通过右上角（坐标38，的教团骑士据点解锁，提供独立于主线副本的额外挑战内容。
挑战副本前需针对性准备装备和阵容。墓葬副本要求至少一名队员技巧达到465且速度400，圣骑士需装备流血免疫和瘟疫免疫饰品。远山副本依赖刺客的流血伤害，每秒需达到90点以上才能有效压制BOSS治疗。迷雾岛副本中，面对不同属性的黑翼使魔需要调整抗性装备，水属性使魔要求全员防晕，风属性使魔则需集中保护血量最低队员。裁判所副本需全队装备双铁壁符文，护甲值达到40队伍需具备群体治疗能力。
副本奖励与难度正相关，简单副本如远山主要产出基础装备，而高难度副本如暗月渊谷可能掉落顶级装备碎片。墓葬副本的宝箱路线与BOSS路线分离，建议先取宝箱后挑战谢佛以获取最大收益。迷雾岛副本的困难模式掉落暗月诅咒装备碎片，普通模式则产出高级装备碎片。巨龙之路隐藏路线最终机关处的奖励需要通过特定解谜获取。需注意部分副本如训练营存在装备掉落随机性，需反复挑战才能获得理想属性。
