在少年三国志的后期阶段，武将搭配的核心在于阵营协同、技能互补以及资源集中培养。后期战斗对阵容的全面性要求极高，不仅需要高爆发输出，还需兼顾控制、防御和治疗能力。蜀国五虎将组合（关羽、张飞、赵云、马超、黄忠）凭借高额单体伤害和阵营加成成为热门选择，而魏国的司马懿、贾诩、郭嘉组合则以减伤和控制效果著称。吴国则依赖吕蒙、陆逊、孙策等武将的后排输出能力，配合小乔的辅助提升续航。群雄阵容中，吕布、貂蝉、左慈的混搭能打出爆发与控制兼备的效果。
同一阵营的武将组合能激活额外属性加成，例如蜀国五虎将的合体技能可大幅提升队伍攻击和暴击率。魏国的虎卫流（曹仁、典韦、许褚）通过护盾和减伤羁绊增强生存能力，而吴国的弓手流（孙尚香、黄忠、太史慈）则依靠后排集中输出快速击溃敌方。群雄阵营的缘分体系较为灵活，可通过激活貂蝉与吕布的英雄美人等缘分效果提升攻击力。资源有限时，优先培养核心输出武将（如吕布、关羽、司马懿）并搭配辅助型武将（如刘备、小乔、华佗）是提升战力的有效策略。
竞技场中，均衡的阵容（如蜀国五虎搭配诸葛亮控制）更占优势；副本挑战则需针对BOSS特性选择破防或减怒武将（如张角、典韦）。跨服战等大型PVP活动中，混搭阵容（如群雄吕布+蜀国关羽+魏国曹操）能发挥多阵营联合作战的优势。武将的站位和神兵搭配也直接影响实战表现，例如关羽适合佩戴青龙偃月刀强化输出，而曹仁装备防御型神兵可提升前排坦度。
后期培养需注重武将的深度开发而非广度。将资源集中投入核心武将的升星、装备和宝物强化，比分散培养更能提升整体战力。优先将吕布升至六星并搭配专属宝物方天画戟，可最大化其群体伤害能力。辅助型武将如华佗或小乔只需保证生存即可，无需过度消耗资源。密切关注武将之间的技能联动，如司马懿的减防效果可强化周瑜的法术伤害，形成连锁攻击体系。
蜀国五虎将、魏国减伤流、吴国弓手流和群雄混搭流各有优势，玩家需结合自身资源与偏好选择发展方向。阵营协同、技能互补和资源集中是后期阵容构建的三大原则，合理运用这些策略可在高阶对战中占据主动。
