三周目开始后，咱们需要先到博士那里把图鉴升级成386版，之后坐船前往火焰山。刚下船就能看到右边有两个火箭队成员，直接击败他们进入山洞，在里面推动石头找到红宝石。带着红宝石回去找博士，他会给一张能前往七个岛屿的船票。这时候就能开启全新的岛屿探险了，每个岛屿都有独特的剧情和隐藏内容等着咱们去发现。
来到四号岛时，会碰到宿敌小茂，不过他这次不会和咱们对战。记得在这个岛上可以顺便培养一下精灵，岛上的商店旁边有个小屋，进去和里面的人对话后，前往右边的冰洞。冰洞里地面很滑，需要用石头改变移动方向，走到深处能拿到登瀑布技能。在岛屿的瀑布使用这个技能，会遇到四大天王之一的冰天王，击败他后能获得重要密码。
五号岛左上角可以冲浪，遇到一位老伯会送给咱们一颗波克比的蛋。继续前进会进入一个小岛的山洞，里面是迷宫结构，记得带上五件实用道具。走出迷宫后会被一个女孩带回家，之后就能前往六号岛了。六号岛南边有扇打不开的门，需要用斩树技能开启，进去后能找到蓝宝石，但很快会被火箭队抢走，需要追到他们的基地夺回来。
七号岛南边的遗迹里可以遇到安侬，而八号岛的山洞深处能抓到洛奇亚。最后的九号岛需要解谜三角形机关，当机关变红时会出现30级左右的迪奥西斯。三周目的流程虽然和之前类似，但新增的岛屿探索和神兽捕捉让整个冒险更有挑战性，记得多存档避免意外情况。
