卧虎藏龙2的门派技能系统以差异化设计为核心，四大门派唐门、巨剑、逍遥、药王各自拥有独特的技能机制和战斗定位。技能主要分为攻击、防御、辅助、控制四大类，不同门派的同类技能在效果和运用方式上存在显著区别。攻击技能中，唐门侧重暗器爆发，巨剑强调范围伤害，逍遥依赖元素连招，药王则兼顾治疗与输出。这种基础分类下的细分设计，构成了门派差异化的底层逻辑。
唐门技能体系以暗器技术为特色，包含无影针、飞絮毒砂等核心输出技能，配合鹰眼提升暴击率，千机变作为主要控制手段。被动技能困兽斗、流星赶月强化生存能力，金刚不败、断绝一切等辅助技能兼具无敌和禁招效果。该门派独有的暗器制造系统，允许玩家通过收集材料制作高阶暗器，这种成长性设计使其后期伤害潜力突出。唐门技能组合要求精确计算隐身与破隐时机，对战斗节奏把控有较高要求。
巨剑门派技能以刚猛著称，断岳、破空等单体技能配合震天、豪烈等群体控制，形成攻守兼备的体系。铁壁提升防御力，嗜血提供续航能力，使其在团队中承担主坦角色。该门派技能特效普遍具有范围大、前摇长的特点，三连普攻配合狂暴BUFF可打出爆发伤害，冲锋与盾墙的搭配则体现攻防转换的战术价值。巨剑技能冷却时间相对较长，需要合理规划技能释放顺序。
逍遥门派采用阴阳双生机制，寒霜剑气与冰魄封魂构成控制链，赤炎咒与业火红莲形成持续伤害。凌波微步提供位移能力，乾坤挪移具备无敌帧反制效果。该门派技能存在蓄力设定，冰火同源可破除元素护盾，混元一气护盾值与承伤挂钩。逍遥技能连招需要严格保持距离，8米外可触发部分技能增伤效果，对走位和预判有较高要求。
药王作为治疗专精门派，技能组合兼顾单体与群体治疗，同时拥有禁疗、驱散等战术技能。其治疗量与攻击属性挂钩，存在治疗暴击机制。攻击技能附带毒素效果，可叠加持续伤害。该门派技能施法多需读条，存在被打断风险，需要依靠走位和队友保护。药王技能存在治疗模式与攻击模式的切换机制，不同模式下技能效果会产生变化。
